当機構は、総務、マーケティング・プロモーション、着地整備・観光鵜飼、観光資源開発とインバウンド（新設予定）を加えた部門別組織と三次もののけミュージアムの指定管理部門を併せた組織体制で運営しています。また、市からの受託事業に関しては、案件により部門横断的に対応しています。
三次市内の観光推進に当たっては、多様な関係者との三次市観光戦略の情報共有や合意形成の場として、「三次観光推進委員会」を設置し、当機構理事会と運営の連携を図り、多様な立場からの三次観光推進のあり方を協議し、施策立案に役立てています。そのほか、市内事業者の「稼ぐ力」の向上や情報共有ため「賛助会員」制度も設立し、連携強化を図っています。 また、三次市民や三次のすばらしさを国内外に広く発信する人たちで構成する三次観光アンバサダー制度も設立し、三次市内のタイムリーなの観光情報の共有や鮮度の高い情報発信をＳＮＳを活用して取り組んでいます。
